Przydatne prognostycznie profile ekspresji genów w ostrej białaczce szpikowej ad 5

Wewnętrzne mutacje tandemowe duplikacji FLT3 (ITD), mutacje FLT3 w domenie kinazy tyrozynowej (TKD), mutacje N-RAS, K-RAS i CEBPA oraz nadekspresja EVI1 są przedstawione w tym samym zestawie kolumn: czerwony wskazuje na obecność danej anomalii i zielony jej brak. Poziomy ekspresji 40 najlepszych genów zidentyfikowanych przez analizę istotności mikromacierzy każdego z 16 klastrów, jak również w prawidłowym szpiku kostnym (NBM) i komórkach CD34 + przedstawiono po lewej stronie. Pasek skali wskazuje wzrost (czerwony) lub spadek (zielony) w poziomie ekspresji o współczynnik co najmniej 4 w stosunku do średniej geometrycznej wszystkich próbek. Wskazano odsetki najczęstszych nieprawidłowości (występujących w ponad 40 procentach próbek) i odsetki próbek w każdym skupieniu z prawidłowym kariotypem. Tabela 2. Tabela 2. Ocena korelacji Omniviz Wyświetl wyniki na podstawie grupowania próbek AML z podobnymi anomaliami molekularnymi. Wszystkie próbki AML zostały sklasyfikowane w podgrupach przy użyciu uporządkowania bez nadzoru (tj. Bez uwzględnienia informacji hematologicznych, cytogenetycznych lub innych informacji zewnętrznych). Optymalne grupowanie tych próbek osiągnięto przy użyciu 2856 zestawów sond (zestaw sond składa się z 10 do 20 oligonukleotydów); Zestawy 2856 reprezentują geny z oznaczeniem z 2008 r. I 146 tagów wyrażonych sekwencji, które są krótkimi sekwencjami nieznanych genów (ryc. 1A i tabela 2 oraz ryc. B, C, D, E, F, G i H w dodatkowym dodatku 1).
Szesnaście różnych grup pacjentów z AML zidentyfikowano na podstawie silnych podobieństw w profilach ekspresji genów. Rysunek 1A, widok korelacji Pearsona, pokazuje te grona jako czerwone kwadraty wzdłuż przekątnej. Czerwony prostokąt wskazuje na dodatnie korelacje parami (równość w ekspresji genów między klastrami) i niebieski prostokąt wskazują ujemne korelacje parami (nierówność w ekspresji genów między skupieniami) (rysunek 1A i rysunek A w dodatku uzupełniającym 1). Końcowy widok korelacji Omniviz został tak zaadaptowany, aby wykreślić cechy cytologiczne, cytogenetyczne i molekularne bezpośrednio przylegające do pierwotnej przekątnej. Taki układ umożliwił wizualizację grup pacjentów o podobnych wzorach ekspresji genów wraz z odpowiednimi odkryciami klinicznymi i genetycznymi (Figura 1B).
Wyraźne grupy t (8; 21), inv (16) i t (15; 17) łatwo zidentyfikowano przy użyciu 1692 zestawów sond (tabela 2). Identyfikacja klastrów z mutacjami w FLT3, monosomii 7 lub nadekspresji EVI1 wymagała 2856 zestawów sond (Tabela 2 i Fig. B, C, D, E, F, G i H w Dodatku 1). Gdy użyto więcej genów, zniknął zwarty wzór grupowania (tabela 2). Po włączeniu do analiz widoku korelacji Omniviz (2856 zestawów sond), wszystkie pięć próbek szpiku kostnego i trzy próbki CD34 + od osobników kontrolnych zebrano w klastrach 8 i 10, odpowiednio.
Geny charakterystyczne dla każdego z 16 klastrów uzyskano za pomocą nadzorowanej analizy (rozróżnienia na podstawie wcześniej zdefiniowanych klas), z wykorzystaniem metody SAM. Profile ekspresji 40 najlepszych genów każdego skupienia są wykreślone na Figurze 1B obok widoku korelacji
[przypisy: monoderma, celiprolol, amiodaron ]
[więcej w: zastawka bauhina, zatorowość płucna rokowania, zatorowość płucna wytyczne ]